Las fuerzas del soberano Manco Inca, dirigidas por su lugarteniente Quizu Yupanqui, cercaron la recién fundada Ciudad de los Reyes (Lima), defendida por un ejército español-indígena al mando de Francisco Pizarro. El objetivo de Manco Inca era evitar que Francisco Pizarro mandara refuerzos para romper el Sitio del Cusco. Para ello las tropas incas, llegaron a la falda del cerro San Cristóbal y se dieron diferentes escaramuzas, entre guerreros incas y pueblos indígenas, que apoyaban a los españoles.
La ciudad de Lima, solo tenía 18 meses de antiguedad, sus casas eran de adobes, alrededor de una plaza central.
Según el cronista Murúa, tres ejércitos incaicos concurrieron a sitiar la Ciudad de los Reyes. Por el camino de Trujillo llegó la gente de Tarma, Atabillos, Huaylas y Huánuco; por la ruta de Pachacamac, los Huancas, Angaraes, Yauyos y Chauircos; por el camino de Quives, con gente de Canta y parte de los Yauyos, los capitanes, Illa Thupa y Paukar Waman. Kisu Yupanki, con selectas tropas, vino por la ruta de Mama.
Kisu Yupanki, con veinte a treinta mil guerreros, avanzó sobre Lima; hay evidencias que Kisu Yupanki no tomó por sorpresa a los españoles de Lima, sino que, por el contrario, éstos lo estaban esperando, convenientemente armados y con millares de "indios amigos" para atacarlos;
La ayuda que les proporcionaron Waqra Páucar de Lurin Wanca y Luna Willka de Xauxa, curacas comarcanos del valle de Lima de los Yauyos y Huarochirí, enemigos de los Incas, y principalmente por el aporte de cuatro mil guerreros que trajo la princesa Mama Kuntur Wacho, y los refuerzos del Callejón de Huaylas,para auxiliar a Francisco Pizarro, una de cuyas amantes era su hija Inés Quispe Sisa (Concubina) y el apoyo de la gente de los curacas de Lima, Magdalena, Maranga, Lurigancho, Pachacamac, Chilca, etc.
El ataque central a la ciudad de Lima se dio en la mañana del jueves 24 de agosto; basamos esta afirmación en el testimonio presencial del español Martín Pizarro, quien refiriéndose a esa jornada dice que ocurrió un jueves y que ese día mataron a Kisu Yupanki, el capitán general del ejército patriota, donde después se elevaría el barrio de Santa Ana, fue emboscado por la caballería española, y muerto por Pedro Martín de Sicilia, con los jefes incas.
A pesar de ello, la lucha continuó por algún tiempo más, aunque con resultados desfavorables a los incas, pues no sólo tenían que enfrentar a la caballería, armas de fuego y ballestas españolas sino también a los miles de aliados indios.
Ante los resultados desfavorables del asalto a la ciudad, los capitanes Páucar Huamán e Illa Túpac decidieron replegarse y retirarse; Pero para Juan José Vega, el fracaso del cerco de Lima se debió, fundamentalmente, a la deserción de los huancas y otras etnias, las cuales debían penetrar por el sur en apoyo de Quizu Yupanqui. Los huancas, en especial, se convirtieron en los más entusiastas aliados de los españoles.
